In 1993 won hij wederom een Interzone-toernooi, ditmaal in Biel. In de daaropvolgende kandidatenmatches versloeg hij Michael Adams en Vladimir Kramnik. In de finale verloor hij echter van Anatoli Karpov.
In 2005 bereikte Gelfand de kwartfinale van de FIDE World Cup en plaatste zich daarmee voor kandidatenmatches die in Elista werden gehouden. Gelfand versloeg Rustam Kasimdzjanov en Gata Kamsky en plaatste zich zodoende voor het wereldkampioenschap schaken 2007. Hij eindigde daar op de met Vladimir Kramnik gedeelde 2e/3e plaats.