Tijdens de Tweede Wereldoorlog en ook tijdens het communistisch regime na de dood van bisschop Joseph Hlouch was de bisschopszetel vacant. In 1993 werd het bisdom Plzeň (Pilsen) opgericht, deels uit gebied van het bisdom České Budějovice.
Het bisdom heeft een oppervlakte van 12.500 km². In 2019 telde het bisdom 354 parochies. Er woonden toen 743.780 mensen waarvan 38,2% katholiek was.
Bisschoppen
De bisschop van České Budějovice is sinds 2015 Vlastimil Kročil en hulpbisschop sinds 2008 is Pavel Posád.