Windisch-Graetz geniet met name bekendheid vanwege zijn rol in het neerslaan van de liberale opstanden in het revolutiejaar 1848. In juni sloeg hij de opstanden die volgden op het in Praag bijeengekomen Panslavisch Congres bloedig neer, waarbij zijn echtgenote Eleonore zu Schwarzenberg werd gedood en zijn zoon Alfred II gewond raakte. Na het uitbreken van de Weense Oktoberopstand werd hij tot opperbevelhebber van alle Oostenrijkse troepen buiten Italië benoemd. Hij nam Wenen op 31 oktober 1848 gesteund door ban Josip Jelačić in en drukte ook deze opstand op bloedige wijze de kop in. Aan de harde vervolging van opstandelingen die volgde viel onder anderen Robert Blum ten slachtoffer.
Met zijn zwager, minister-president Felix zu Schwarzenberg, bewerkstelligde Windisch-Graetz in december 1848 het aftreden van de zwakke keizer Ferdinand I ten gunste van diens neef Frans Jozef I. Hij bezette in december 1848 en januari 1849 Presburg, Raab, Boeda en Pest, maar werd in maart wegens een meningsverschil met Schwarzenberg van zijn taken ontheven.
Hij trok zich hierop terug op zijn goederen in Bohemen. In 1859 benoemde Frans Jozef hem tot gouverneur van de bondsvesting in Mainz en tot erfelijk lid van de Rijksraad. Hij stierf op 21 maart 1862. Zijn kleinzoon Alfred III zu Windisch-Graetz was van 1893 tot 1895 minister-president van Oostenrijk.
