Deze pagina beschrijft het kwalificatieproces voor de Afrika Cup 2013. Zuid-Afrika is automatisch gekwalificeerd voor de Afrika Cup. De overige 46 landen strijden om 15 plaatsen in de eindronde.
Togo werd uitgesloten voor de Afrika Cup 2012 & 2013 door CAF nadat zij in 2010 terugtrok van de Afrika Cup 2010 door een aanslag op hun teambus[2] Togo spande een zaak aan bij de CAS, door bemiddeling van FIFA president Sepp Blatter werd de uitsluiting per direct opgeheven, na een vergadering van het uitvoerend comité CAF.[3]
De voorronde zou worden gespeeld op 6 en 20 januari2012.[4] De wedstrijden tussen Seychellen en Swaziland gingen niet door, de tweekamp tussen Lesotho en Sao Tomé en Principe werd uitgesteld tot 15 en 22 januari.