Pengangkutan awam di Johor terbahagi kepada pengangkutan air, darat dan udara.

Pengangkutan air jarang digunakan kecuali untuk pergi ke destinasi pelancongan seperti Pulau Sibu.

Negeri Johor mempunyai sistem lebuh raya yang bagus. Lebuhraya Utara Selatan mengaitkan kebanyakan bandar-bandar utama di negeri Johor dan juga dengan segala negeri-negeri di barat Semenanjung Malaysia. Tambahan juga, Tambak Johor yang dilengkapkan dengan lebuh raya duaan tiga lorong menyambungkan negeri Johor dengan negara Singapura. Laluan Kedua Malaysia-Singapura yang terletaknya di bahagian barat bandar raya Johor Bahru telah dibina pada tahun 1997 untuk mengatasi kesesakan tambak. Ia menyambungkan secara langsung dengan Lebuhraya Utara Selatan. Terdapat pelbagai jenis perkhidmatan bas yang disediakan di negeri ini.^[1] Manakala perkhidmatan teksi pula, boleh berhubung dengan perkhidmatan teksi Johor Bahru iaitu boleh pergi ke destinasi sekitar Iskandar Malaysia termasuk Johor Bahru.

Sistem jalan keretapi di Johor yang dikelolakan oleh Keretapi Tanah Melayu Berhad (KTMB), bermula di Stesen KTMB Johor Bahru sehingga Stesen KTMB Gemas. Hanya terdapat satu landasan keretapi sahaja di tengah-tengah negeri Johor tetapi mempunyai dua cabang iaitu cabang Kempas ke Pelabuhan Pasir Gudang dan cabang Skudai ke Pelabuhan Tanjung Pelepas. Menjelang 2011 landasan berkembar dari Gemas ke Johor Bahru bakal dibina dengan bantuan kerajaan melalui kontraktor yang dilantik. Apabila siap nanti semenanjung Malaysia mempunyai sistem jalan keretapi yang lebih cekap dan efisen dari Johor Bahru ke Padang Besar.

Lapangan Terbang Antarabangsa Senai yang ditempatkan di Senai, Daerah Kulai memberi perkhidmatan kepada sistem penerbangan antarabangsa, nasional dan wilayah. Dibina pada 6 Jun 1974, lapangan terbang ini telah diperbesarkan berkali-kali dan kini mempunyai kapasiti sebanyak lima juta penumpang setahun. Sebuah landasan kapal terbang yang baru sedang dibina. Lapangan Terbang Antarabangsa Senai merupakan satu-satunya lapangan terbang yang dikelolakan oleh pihak swasta (selain MAHB) di Malaysia.

Negeri Johor mempunyai tiga pelabuhan:

• Pelabuhan Tanjung Pelepas: terletaknya di Johor Bahru, ia adalah pusat muatan pindah kapal yang terbesar di Malaysia;
• Pelabuhan Johor: terletaknya di Pasir Gudang, ia merupakan salah satu pelabuhan komoditi yang utama di Malaysia; dan
• Pelabuhan Tanjung Langsat: terletaknya lapan kilometer dari Pelabuhan Johor, ia merupakan pelabuhan yang terbaru di Johor untuk mengendalikan gas cecair (LPG) dan bahan-bahan kimia yang merbahaya.

Selaras dengan kemajuan negeri dan kewujudan wilayah pembangunan Iskandar Malaysia, Kerajaan negeri berhasrat untuk membina sistem transit aliran ringan LRT bagi menghubungkan bandar-bandar utama sekitar Johor Bahru, serta sistem maglev - monorel bagi menghubungkan pusat-pusat tumpuan utama di daerah Johor Bahru. Selain itu Kerajaan Singapura bercadang menyambung sistem Mass Rapit Transit MRT republik itu ke bandaraya Johor Bahru. Di kawasan Iskandar Puteri ada perancangan untuk membina Sistem Keretapi Tram bagi menghubungkan tempat-tempat utama seperti Medini, Educity, Cybercity, Puteri Habour, Kota Iskandar, Legoland, Pelabuhan Tanjung Pelepas, Ramsar dan tempat-tempat menarik lain atas inisiatif swasta dan pihak Iskandar Malaysia. Sistem Komuter seperti di Lembah Klang juga bakal dibina di sini bagi mengurangkan kesesakan pada masa akan datang menghubungkan bandar-bandar besar di sekitar Johor Selatan contohnya, antara Kota Tinggi dengan Johor Bahru, Pontian dengan Johor Bahru, Kulai dengan Johor Bahru, Skudai dengan Johor Bahru, Kempas/Pandan dengan Johor Bahru dan Pasir Gudang dengan Johor Bahru. Semua sistem ini masih dalam perancangan dan perbincangan dengan pihak-pihak berkaitan.

Wikimedia Commons mempunyai media berkaitan Pengangkutan di Johor