Kekristianan ialah agama yang paling banyak dianuti di Sudan Selatan, dengan minoriti ketara penganut kepercayaan tradisional dan Islam.
Presiden Salva Kiir, seorang Katolik, semasa berucap di Katedral Saint Theresa di Juba, menyatakan bahawa Sudan Selatan akan menjadi sebuah negara yang menghormati kebebasan beragama.[2] Anggaran bahagian relatif penganut agama tradisional Afrika dan Kristian adalah berbeza-beza.[3][4][5][6][7][8][9] Kajian 2019 mendapati bahawa penganut Protestan melebihi penganut Katolik di Sudan Selatan.[10]