Geležinkelio statyba buvo baigta 1913 m. gruodžio 1 d., jis turėjo standartinio (1435 mm) pločio vėžę. Investavę akcininkai norėjo pagerinti vietinį susisiekimą ir pritraukti krovinių iš Didžiosios Lietuvos gilumos. Papildomų krovinių atsirado prie geležinkelio prijungus Šilutės uostą. Keleivių buvo nedaug ir jų skaičius nuolat mažėjo.
Apie 1930 m. Šilutės–Kulėšų geležinkelis turėjo bagažo autobusą, kuriuo gabendavo keleivius ir nedidelius krovinius iš Žemaičių Naumiesčio į Šilutę.
1913 m. geležinkelis pervežė 35 tūkst. keleivių ir 13 tūkst. t krovinių, o 1939 m. – 22,7 tūkst. keleivių ir 14 tūkst. t krovinių.
Iškart po Antrojo pasaulinio karo geležinkelio bėgiai buvo išardyti. Tačiau tarybiniais metais geležinkelio trasa iš Šilutės stoties buvo nutiestas privažiuojamasis kelias, atstatant tiltą per Šyšą, iki pramonės įmonių ir sandėlių. Šiuo metu atšaka dalinai išardyta ir nenaudojama.