Šakniavaisis – sustorėjusi, sandėliuojamąją funkciją atliekanti augalo pagrindinė šaknis. Šakniavaisiai būdingi dvimečiams augalams – morkoms, burokams ir pan. Daug rečiau šakniavaisius formuoja vienmečiai (pvz., ridikėlis) ar daugiamečiai (pvz., balža) augalai.
Sandara
Šakniavaisio viršuje yra trumpaūglis, vadinamas kerpe, iš kurio auga lapųskrotelė. Šakniavaisio viršutinė dalis be šoninių šaknų kilusi iš hipokotilio (pamatinės stiebo dalies). Likusią dalį sudaro tikroji šaknis, iš kurios šakojasi šoninės šaknys. Skirtingų rūšių šakniavaisiuose hipokotilio ir šaknies masės santykis skiriasi, pavyzdžiui, burokėlio šakniavaisio didesnę dalį sudaro hipokotilis, o morkos – šaknis.