Ukmergės pilies teismo sprendimu evangelikų reformatų bažnyčia 1656 m. perduota katalikams. Apie 1666 m. Radvilų nekropolis perkeltas į Kėdainių didžiąją kalvinų bažnyčią. 1736 m. pastatyta klebonija. Nuo 1777 m. minima parapinė mokykla. Mūrinė Vyžuonų bažnyčia 1793 m. turėjo 2 šonines koplyčias ir neseniai primūrytą priebažnytį. Jai priklausė Čerioškavietės ir Kunigiškių (anksčiau Žemaitėlių) kaimai.
Ankstyviausiose išlikusiose metrikų knygose minimi šie kunigai:
nuo 1753 m. kunigas Mykolas Korgautas (lot. Michael Korgowt comedarius Vizunensis)
nuo 1753 m. klebonas Kazimieras Lukaševičius (lot. Casimirus Lukasewicz Paroch Viz)
Carinės Rusijos laikotarpis
Per miestelio gaisrą 1796 m. kovo 26 d. bažnyčia sudegė. 1811 m. ji buvo restauruota. VikarasLeopoldas Dilevičius už tai, kad prisidėjo prie 1863 m. sukilimo, 1864 m. ištremtas 8 metams į Sibirą. Jam atimtas dvasininko titulas, konfiskuotas turtas. Valdžia, sužinojusi, kad 2 valstiečiai rinko aukas kapinėms aptverti, 1886 m. nubaudė juos po 10 rublių, o kleboną Praną Drukteinį – 25 rublių baudomis.
1912 m. apmūrytas šventorius. Per Pirmąjį pasaulinį karą į Rusiją išvežti varpai. Nuo 1914 m. vikaravo, vėliau klebonavo Aleksandras Mileika (1881–1944 m.). Jis 1931 m. pastatė dviaukštę mūrinę kleboniją, 1937 m. suremontavo ir išdažė bažnyčią. A. Mileika 1941 m. suimtas ir ištremtas į Sibirą. Vikaras Ignas Ragauskis (1891–1941 m.) sušaudytas Rašės miškelyje kartu su žydais. 1944 m. išbyrėjo bažnyčios langų stiklai.
Architektūra
Bažnyčia gotikinė, lotyniško kryžiaus plano, halinė (38 × 15 m), su trisiene apside, vienabokštė. Vidus 3 navų. Jas dengia kryžminiai skliautai, rūsį – cilindriniai skliautai. Yra 3 altoriai. Šventoriaus tvora akmenų mūro.
Galinio fasado sienoje, dešinėje, įmūryta akmeninė žalčioVyžo galva, kuri, pasak legendos, gulėjusi ant Kartuvių kalno, buvo garbinama pagonių,[1] kairėje pusėje – akmeninis švedų patrankos sviedinys, kadaise kritęs į Vyžuonas.
Galerija
Bažnyčia iš šono
Pagalbinis pastatas šventoriuje
Kun. Petro Liepos atminimui
Sienoje – patrankos sviedinys ir žalčio galva (dešinėje)