Gimė ūkininkų šeimoje, mokyklą lankyti pradėjo jau būdamas šešiolikos metų. 1877 m. baigė Veiverių mokytojų seminariją ir pradėjo mokytojauti Kapčiamiesčio pradinėje mokykloje. 1891–1899 m. dirbo mokytoju Vilkaviškio pradinėje mokykloje, šioje švietimo įstaigoje pirmasis pradėjo dėstyti lietuvių kalbą. Mokinių tarpe platino nelegalią „Aušrą“, buvo šio laikraščio leidybos komiteto nariu. Priklausė Sietyno knygnešių organizacijai, dalyvavo varpininkų suvažiavimuose. Įskųstas pogrindinio leidinio „Varpas“ platinimo, buvo suimtas ir kalinamas Marijampolės kalėjime.
Po arešto neteko darbo Vilkaviškio mokykloje, kurį laiką vertėsi privačiomis pamokomis. Vėliau įsikūrė Kėdainiuose, dalyvavo Lietuvių mokytojų sąjungos veikloje, bendradarbiavo mėnraštyje „Mokykla“. Tapo Lietuvių mokslo draugijos nariu. Pajutęs, kad yra valdžios organų sekamas, pervažiavo gyventi į Varšuvą ir iki 1915 m. dirbo buhalteriu vienoje iš A.Nobelio įkurtų firmų.
V.Palukaitis Varšuvoje įsteigė lietuvių kalbos kursus, buvo vienas iš Lietuvių savišalpos draugijos organizatorių. Prie draugijos veikė choras, kuriam vadovavo Mikalojus Konstantinas Čiurlionis. Vincas Palukaitis kartu su M. K. Čiurlioniu 1909 m. išleido dainų rinkinį liaudies mokykloms „Vieversys“. Šio rinkinio kūrinai: V. Kudirkos„Tautiška giesmė“ ir kitos dainos: „Pulkim ant kelių“, „Aš padainuosiu dainų dainelę“, „Šaltyšius“ išpopuliarėjo visoje Lietuvoje. Iš kunigaikštienės Marijos Magdalenos Radvilienės laikraščiams leisti ir neturtingiems moksleiviams šelpti buvo gavęs 20 000 rublių. Lenkijos sostinėje organizavo lietuviškas pamaldas, subūrė 450 tikinčiųjų varšuviečių lietuvių parapiją. Kai Pirmojo pasaulinio karo metais Varšuvą užėmė vokiečių kariuomenė, V.Palukaitis išvyko į Vilnių, kur įsidarbino Karo pabėgėlių šelpimo komitete. 1918–1920 m. gyveno Smolenske, dirbo tautiečių valdomame „Vilijos“ fabrike.
1920 m. grįžo į Nepriklausomą Lietuvą, darbavosi pradinių mokyklų inspektoriumi. Dalyvavo visuomeniniame darbe – buvo Šaulių sąjungos Kauno skyriaus kontrolės komisijos narys.
