Pranui Kazlauskui klebonaujant Nemajūnų bažnyčioje, svarstyta, kaip pagerinti prastą bažnyčios pastato būklę, t. y. norėta pastatyti naują bažnyčią. 1862 m. patvirtintas mūrinės bažnyčios projektas ir bažnyčia po truputį pradėta mūryti.
1862 m. pab. - 1863 m. pradžioje kunigas Kazlauskas lankydavosi pas bajorą Adomą Bartuševičių Panemunio dvare, kur vyko paruošiamieji 1863 m. sukilimui veiksmai.
1863 m. lapkričio 27 d. kunigas Pranas Kazlauskas apkaltintas antivyriausybinio turinio, kviečiančių prisidėti prie sukilimo atsišaukimų platinimu taip pat valstiečių kurstymu prisidėti prie sukilimo. Tuo pačiu metu Pranas Kazlauskas atiduotas Karo lauko auditoriatui, kuriame buvo teisiami sukilėliai.
Tardomas, į klausimą, ar ką nors pats įtariantis kaip jį išdavusį, kunigas atsakęs, jog nieko neįtariantis.
1864 m. Karo lauko auditoriato nuosprendžiu 34 metų amžiaus Nemajūnų bažnyčios klebonas Pranas Kazlauskas nuteistas šešeriems metams katorgos darbų Sibire, iš jo atimtas dvasininko titulas, paskirta viso turimo turto konfiskacija.