1918 m. pasibaigė Pirmasis pasaulinis karas. Perloja tuo metu atsidūrė Lenkijos ir Rusijos interesų sankirtoje. 1918 m. lapkričio 13 d. susirinkę Perlojos gyventojai išrinko Perlojos parapijos komitetą, kuris pirmiausia turėjo užtikrinti gyventojų apsaugą ir tvarką. Komiteto vadovu išrinktas Jonas Česnulevičius. Respublikoje veikė savigynos būrys, milicija, teismas, kalėjimas, dirbo keli eiguliai. Dokumentai buvo tvirtinami vienu antspaudu, vartota tik lietuvių kalba. Iš pradžių naudotas bažnytinis antspaudas, vėliau sukurtas naujas, kuriame, pagal Joną Matusą, buvo įrašytas kunigaikščio Perlio vardas.[1] Vėliau komitetui pradėjo vadovauti kunigas A. Petkelis, be to tapęs ir karinių, ir partizaninių veiksmų vadu.[2]
Savigynos būryje buvo 80 ginkluotų vyrų, jiems vadovavo Juozas Lukoševičius. Kariuomenei teko kovoti tiek prieš lenkus, tiek prieš rusus, taip pat ir vėliau, jau tapus Lietuvos dalimi. Pasak J. Matuso, Perlojos savigynos būrys apsišaudė ir su 1919 m. atvykusia centrine Lietuvos delegacija.[1] 1919 m. sausio 6 d. savigynos būrys apšaudė iš Rusijos grįžtantį lenkų kariuomenės dalinį, sudarytą iš šimto karių, kelis jų sužeidė bei nukovė.
1919 m. rudenį Perloją užėmė bolševikai, išbuvę iki kitų metų pradžios, kuomet juos išstūmė iki Varėnos prasiveržusi Lietuvos kariuomenė. Lenkų puolimo metu Lietuvos kariuomenei teko atsitraukti iki Daugų. 1925 m. vasario 3 d. Tautų Sajungos taryba panaikino 20 km neutraliąją zoną tarp Lietuvos ir Lenkijos kontroliuojamų teritorijų, į kurią pateko ir Perlojos respublika. Tokiu būdu Perlojos parapijos teritorija buvo padalinta perpus tarp šių šalių.[2]