Iki 2004 m. naudotose stratigrafinėse schemose neogenui priklausė tik miocenas ir pliocenas.[1] Kitos dvi epochos buvo priskirtos kvartero periodui.
Lietuvos rytinėje ir pietrytinėje dalyje yra mioceno ir plioceno skyriaus nuogulų: Anykščių rajono savivaldybės ir Vilniaus miesto savivaldybės teritorijose.[1] Neogeno nuogulas sudaro smėlis, aleuritas ir molis, vietomis organogeninės medžiagos priemaišomis. Neogeno metu buvo gan lygus reljefas, buvo upių ir ežerų.[1] Augalinė nuo dabartinės nelabai kuo skyrėsi: neogeno pradžioje augo vešlūs subtropiniai miškai, klestėjo pušynai, taksodžiai, sekvojos, kiparisai, nisos, riešutmedžiai, kaštonai, antrojoje pusėje – mišrieji miškai, o pabaigoje – mišrieji pušų ir beržų miškai.[1]