Iš dvarininko Katarskio pirkto Smalėnų palivarko vietoje įkūrė Smalėnų kaimą, į kurį pakvietė prekybininkus žydus bei amatininkus vokiečius iš Prūsijos ir planavo paversti kaimą miesteliu. Netrukus pradėjo veikti gelumbės fabrikas, pastatyta liuteronų bažnyčia ir judėjų sinagoga. 1838 m. gavo leidimą statyti katalikų bažnyčią ir steigti vienuolyną. Nors statybos tik prasidėjo, bet jau 1839 m. į Smalėnus atvyko pirmieji vienuoliai – reformuoti pranciškonai (mažesnieji broliai). Įsteigtoje vienuolyno mokykloje jaunuolius mokė ir brolis Augustinas, joje mokėsi ir žinomas kompozitorius Juozas Kalvaitis, pasižymėjęs JAV lietuvių spaudos darbuotojas Domininkas Tomas Bačkauskas.
Verslas su tekstilės fabriku sužlugo, Smalėnai vėl virto kaimu, o pats Mykolas Habermanas mirė. Palaidotas savo prie vienuolyno statytoje šv. Mykolo Archangelo koplyčioje, kurioje ilsisi ir kiti jo šeimos nariai.