1750 m. pakviesti marijonai. Prienų seniūno žmona Pranciška Ščiukaitė-Butlerienė 1758 m. marijonams pastatė medinį vienuolyną ir bažnyčią, iš Kvietiškio dvaro davė žemės miestui kurti. Gautą žemę marijonai suskirstė sklypais ir pardavė. Taip pradėjo kurtis Marijampolės miestas.
Nuo 1777 m. minima parapinė mokykla. 1780 m. marijonų vienuolyne veikė filosofijos studijos. 1783 m. įkurta parapija, kuri aptarnauti atiduota vienuoliams marijonams.
1809 m. rugsėjį sudegė bažnyčia, vienuolyno stogas. Pamaldos laikytos iš lentų sukaltoje stoginėje. Ją 1818 m. nugriovė audra. Naujos mūrinės bažnyčios statyba rūpinosi marijonas Mykolas Pietaris MIC (1763–1850). 1819 m. išmūrytos sienos, uždengtas stogas. 1824 m. įdėtos lubos, grindys. Tų pačių metų rugsėjo 5 d. bažnyčią konsekravo pavyskupis Augustinas Polikarpas Marcejevskis. Iki 1863 m. bažnyčia pailginta, 1882 m. pristatytas frontonas ir 2 bokštai, iki 1914 m. pristatytos 2 koplyčios. Bažnyčiai suteiktas šv. arkangelo Mykolo titulas.
1908–1914 m. veikė Lietuvių katalikų blaivybės ir Lietuvių katalikių moterų draugijų skyriai, 1909–1914 m. – Marijampolės darbininkų krikščionių draugija, 1918 m. įsikūrė Vargdienių seserų vienuolynas. Vienuolės turėjo spaustuvę, išlaikė pradžios mokyklą, mergaičių bendrabutį. Jos dirbo senelių, vaikų prieglaudose, vaikų darželiuose. Vienuolės, pasivadinusios Lietuvaičių seserų brolija (vėliau – draugija) 1923 m. pasistatė mūrinius 3 aukštų namus, iki 1938 m. įsteigė mergaičių amatų mokyklą.
1920 m. įsteigta marijonų gimnazija, 1923 m. pastatyti jos rūmai. 1927 m. įrengta marijonų spaustuvė, įkurta biblioteka, kurią sudarė arti 50 000 knygų. 1987 m. įrengta palaimintojo Jurgio Matulaičiokoplyčia, kurioje ir yra palaimintojo palaikai. Bažnyčiai 1989 m. suteiktas prokatedros, 1992 m. – mažosios bazilikos titulas.[3]
Architektūra
Bažnyčia turi neobaroko stiliaus bruožų, lotyniško kryžiaus plano, dvibokštė, su apside. Vidus 3 navų, skliautuotas, yra 6 altoriai. Šventorius apmūrytas.
.jpg)
