1800 m. respubliką trumpai buvo užėmusi Austrijos kariuomenė, bet netrukus Napoleono kariuomenė šią teritoriją atsiėmė. 1801 m. buvo paskelbta nauja konstitucija, pagal kurią buvo grąžintos institucijos, panašesnės į buvusios Genujos respublikos institucijas, pvz., dožo, kuris buvo Senato prezidentas, pareigos.
1805 m. birželį Ligūrijos respublika buvo aneksuota prie Prancūzijos imperijos kaip du departamentai Apeninuose – Genujos departamentas (pranc.Gênes département) ir Montenotės departamentas (pranc.Montenotte département). 1814 m. žlugus Napoleono valdžiai respublika buvo trumpam atkurta (egzistavo nuo balandžio 28 d. iki liepos 28 d.). Po Vienos kongreso Ligūrijos respublikos teritorija buvo atiduota Sardinijos karalystei, kuri ją aneksavo 1815 m. liepos 3 d.
Ligūrijos respublika naudojo tradicinę Genujos vėliavą – raudonas kryžius baltame fone.