LKL 1998–1999 metų sezonas – šeštasis lygos sezonas, kuriame dalyvavo 10 klubų. Bankrutavusį Plungės „Olimpą“ pakeitė Marijampolės „Kraitenė“. Pirmenybėse vėl nugalėjo Kauno „Žalgiris“, finale įveikęs pirmą kartą į finalą patekusį „Lietuvos rytą“.
Transliacijos
Šį sezoną LKL transliacijas gerbėjai matė per dvi televizijas: LRT ir LNK. Po šio sezono LNK LKL transliacijų teisių atsisakė.
Reguliarus sezonas
Atkrintamosios varžybos