Šančių kapinių koplyčioje XIX a. pab. - XX a. pradžioje pamaldas laikydavo Kauno kunigai. Nuo 1909 m. kas antrą sekmadienį pradėta giedoti lietuviškai.
Ilgą laiką Šančiai priklausė Karmelitų parapijai. Prieš pat Pirmąjį pasaulinį karą kun. Teodoro Benediktavičiaus (klebonavo 1914–1924 m.) iniciatyva iš fabrikanto Rakošiaus buvo gautas medinis sandėlis, kuris buvo pritaikytas bažnyčiai. Jai suteiktas Švč. Jėzaus Širdies titulas, buvo pastatyti trys altoriai. Šiuo metu pastatas neišlikęs, jo vietoje 5-ojo Kranto gatvėje pastatyta 1-oji pradinė mokykla.
Pasibaigus karui, 1919 m. Šančių tikintiesiems buvo perduotas carinės kariuomenės parako sandėlis (dab. A. Juozapavičiaus pr. 64). Kun. T. Benediktavičiaus rūpesčiu, sandėlis pertvarkytas į maldos namus – senąją katalikų bažnyčią: įrengti trys altoriai, naujos klausyklos, pastatyta medinė varpinė, įsigyti du varpai. Pamaldos joje vyko 1919-1938 m.
Šančių gyventojo Jurgio Stančiausko iniciatyva ir lėšomis šiame rajone 1929 m. pradėta statyti mūrinė katalikų bažnyčia pagal Povilo Taračkovo projektą (dab. Vokiečių g. pabaigoje).[2] Šie maldos namai, statyti be bažnytinės valdžios pritarimo, oficialiai taip ir nebuvo atidaryti. Jų poreikis sumenko, kai 1935 m. buvo pradėta statyti naujoji bažnyčia. Galutinai neužbaigtas J. Stančiausko statinys pamažu buvo tyliai sunaikintas.
Nuo 1926 m. Šančių bažnyčios klebonu dirbo Mamertas Lumbė (1884-1942). Jo rūpesčiu ir tikinčiųjų lėšomis pastatyti nauji vargonai, įrengti nauji suolai, pertvarkytas didysis altorius. 1930 m. Šančiai buvo atskirti nuo Karmelitų parapijos ir jiems suteiktos visos parapijos teisės. Šančių parapijai greitai plečiantis, nuspręsta joje statyti naują bažnyčią. M Lumbės rūpesčiu 1935-1938 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia (pagal supaprastintą archit. Algirdo Šalkauskio projektą). Statybos prižiūrėtoju buvo architektas Adolfas Netyksa, kurį 1937 m. pakeitė inžinierius Pranciškus Markūnas. 1938 m. gruodžio 24 d. po šv. Mišių, atlaikytų senojoje bažnyčioje, Švč. Sakramentas buvo iškilmingai atneštas į naująją bažnyčią. Bažnyčios šventinimo apeigas arkivyskupo Juozapo Skvirecko pavedimu atliko pats parapijos klebonas kun. M. Lumbė. Naujajai bažnyčiai buvo paliktas Švč. Jėzaus Širdies titulas. Šalia stovinti senoji bažnyčia pokaryje paversta sovietų kariškių sandėliu, po 1990-ųjų – privatizuota (dalyje patalpų veikė baldų įmonė, įrengtos šarvojimo salės).
Šančių Juozapavičiaus prospekto kairėje pusėje, Vilijos parke, netoli Žemųjų Šančių kapinių stovėjo medinė karių bažnytėlė, kuri pokaryje buvo sudeginta. Dabar ten pastatytas kryžius.
Architektūra
Bažnyčia pasižymi monumentalumu, griežtomis eksterjero formomis ir saikingu interjeru. Ji yra reikšmingas ir retas moderniosios sakralinės tarpukario architektūros pavyzdys Lietuvoje. Statant bažnyčią, panaudotos novatoriškos gelžbetonio konstrukcijos. Stogo plonasienę kevalinę konstrukciją (vieną pirmųjų Lietuvoje) suprojektavo inžinierius P. Markūnas. Bažnyčia stačiakampio plano, masyvi, su dviem žemais bokštais, dviem zakristijomis prie šoninių fasadų, kurie sudaro taisyklingų geometrinių figūrų kompoziciją. Stogas šlaitinis, jo konstrukcija - gelžbetoninė kevalinė. Stogo danga – skardos lakštai. Pastato fasaduose įrengtos įgilintos vitražinio lango angos, profiliuotas kelių tarpsnių apvadas centrinėje priekinės sienos dalyje, pastogę vainikuojantis karnizas. Vidus – bazilikinė erdvė, 3 navų, su siauromis šoninėmis navomis ir galerijomis antrame aukšte, dvejomis siauromis laiptinėmis. Lubų cilindrinį skliautą formuoja įstrižos kryžminės sijos, sudarančios 121 rombinį kesoną (įdubą).
Bažnyčią puošia žymių lietuvių menininkų darbai: 1938 m. dailininko L. Truikio tapyta freska „Angelai“ presbiterijos arkoje, 1945-1947 m. dailininko Stasio Ušinsko įrengti vitražai galiniame fasade.
Šventoriuje stovi bažnyčios statytojo Mamerto Lumbės antkapis.
