1991 m. birželio 11 d. Kauno miesto mero potvarkiu Nr. 884 nuo rugsėjo 1 d. du miesto lopšeliai-darželiai Nr. 44 ir Nr. 67 reorganizuoti į Kauno Panemunės pradinę mokyklą-darželį. Kauno miesto valdybos 1992 m. kovo 10 d. potvarkiu Nr. 122 nuo rugsėjo 1 d. ši mokykla-darželis reorganizuota į Kauno Panemunės pradinę mokyklą. Kauno miesto valdybos potvarkiu 1993 m. balandžio 13 d. Nr. 435 nuo rugsėjo 1 d. mokykla reorganizuota į Kauno Panemunės ir „Šilo” pradines mokyklas. 2022 m. birželio 23 d. mokyklai patvirtintas Tarptautinio bakalaureato mokyklos-kandidatės statusas.[3]