Kapinių atsiradimo istorija nežinoma. Pagal seniausią datuotą antkapį (1970 m.) galima spręsti, kad gyvūnai šioje vietoje laidojami nuo pat Karoliniškių mikrorajono įkūrimo.[1]2009 m. spaudoje pasirodžius pranešimams apie kapines rausiančias ir nudvėsusių augintinių kūnais mintančias lapes, Vilniaus miesto savivaldybėje svarstyta kapinių legalizavimo galimybė. Tuometinė Karoliniškių seniūnijos seniūnė Violeta Gedminaitė pasisakė prieš legalizavimą.[2][3] Kapinės legalizuotos nebuvo. 2012 m. skelbta apie kapų iškėlimą į 2011 m. įkurtas Vilniaus miesto gyvūnų kapines bei nelegalių kapinių panaikinimą.[4]2015 m. spalį Vilniaus meras Remigijus Šimašius patikino sieksiąs kapinių legalizavimo.[5] Šiuo metu už gyvūnų laidojimą kapinėse gali būti skiriama bauda.[6]
