Kalvarijos seniūnijoje veikia meno kūrėjų bendrija „Šešupė“, žvejų mėgėjų klubas „Orija“, vaikų ir jaunimo klubas „Arka“, Juozo Balkaus skautų bendrovė, Neįgaliųjų draugijos ansamblis „Viltis“ ir sporto būrelis.[2]
Jungėnų seniūnaitija – Jungėnų k., Mikalaukos k., Godūniškių k., Kimšų k., Dambaukos k., Pašešupio k., Vazniškių k., Šatinskų k., Juodųjų Šaltinių k., Stebuliškių k., Gulbiniškių k., Suvalkėlių k., Kreivosios k., Trakiškių k., Jonų k., Pasūduonio k., Kampinių k., Šlynų k., Deivoniškių k., Laibikių k., Staviškių k., Gintautų k.
Jusevičių seniūnaitija – Jusevičių k., Pakirsnių k., Zubrių k., Santakos k., Orijos k., Raudeniškių k., Raudenio k., Skersabalių I k., Skersabalių II k., Tabarauskų k., Kvietkinės k., Kasauskų k., Palnyčios k.
Kalvarijos seniūnaitija – Kalvarijos m.
Mindaugų seniūnaitija – Brukų k., Ivantiškių k., Karališkių k,. Vicentiškių k., Šarkių k., Kestenių k., Nendrių k., Zapalimų k., Barauskų k., Sūsninkų k., Ilgalaukos k., Dominiškių k., Pagrandų k., Mikališkių k., Štakmanavo k., Pabalinės k., Turlojiškės k., Butanavičių k., Jakimavičių k., Kamšų k., Nemunaičių k.
Tarprubežių seniūnaitija – Tarprubežių k., Ėgliabalių k., Ukazupkos k., Tabarų k., Menkupių k., Vilkabalių k., Margų k., Ėgliškių k., Naujienėlės I k., Pliumbėnų k., Durpinės k., Navasodų k., Jurgežerių k., Šaltųjų Šaltinių k., Kumečių k., Kušliškių k., Budavisko k., Norvydų k., Juodelių k., Miluičiškių k., Piliakalnių k., Patašinės k., Papiliakalnių k., Šleinių k.
Trakėnų seniūnaitija – Brazavo k., Trakėnų k., Trivaravo k., Naujienėlės k., Zigmantavo k., Kalvių k., Murgininkų k., Kreivukės k., Smalininkų k.