Kol kūlupėniškiai bei aplinkinių kaimų gyventojai neturėjo savos bažnyčios, melstis jie rinkdavosi į Kūlupėnų vaikų darželio patalpose įrengtą ir 1993 m. konsekruotą koplyčią. Iki 1996 m. Kūlupėnai buvo Kartenos parapijos filija, aptarnaujama Kartenos klebono. 1996 m. aptarnavimas pavestas Kalnalio klebonui Egidijui Jurgelevičiui. Jo dėka 1997 m. kovo 3 d. LR Teisingumo ministerijoje Kūlupėnų parapija įregistruota religine bendruomene, sutvarkyti visi žemės sklypo, kurį bažnyčios statybai padovanojo kūlupėniškės Darata ir Jadvyga Drakšienės, įregistravimo dokumentai, padarytas žemės sklypo detalusis planas.
2001–2004 m. parapijos klebonu buvo paskirtas Gediminas Jazbutis. Jo rūpesčiu sutvarkyta žemės grąžinimo byla pagal Marijonos Daukantienės testamentą, kuriuo ji savo turtą, t. y. 7,64 ha paliko kun. Petrui Merliūnui. Palikimas buvo panaudotas bažnyčios statybai. Nuo 2004 m. rugsėjo mėn. Kūlupėnų parapiją aptarnavo Kalnalio parapijos klebonas Raimondas Jonauskas.
Bažnyčios statyba
2003 m. buvo padarytas architektūrinės dalies projektas ir pamatų konstrukciniai brėžiniai. Architektūrinę dalį dovanojo architektas Leonas Laimutis Mardosas. 2004 m. gautas pamatų statybos leidimas.
2006 m. liepos 17 d. pradėta bažnyčios pamatų statyba. Bažnyčios kertinis akmuo rugpjūčio 12 d. iškilmingai pašventintas Telšių vyskupo Jono Borutos.
2007 m. gautas bažnyčios pastato statybos leidimas. Bažnyčios sienos buvo pamūrytos iki balkonų, pirmu sluoksniu išbetonuotos bažnyčios grindys. 2010 m. uždengtas bažnyčios stogas.
2014 m. bažnyčia atidaryta Verbų sekmadienį. Gegužės 14 d. buvo švenčiami pirmieji tituliniai Šv. Motiejaus atlaidai.
Sutvarkytos šventovės prieigos, įrengta automobilių stovėjimo aikštelė, bažnyčioje įvestas įgarsinimas. 2015 m. buvo ketinama tvarkyti aplinką, liko pastatyti varpinę, parapijos namus, kleboniją.[2]2018 m. lapkričio mėn. užbaigti interjero įrengimo darbai (paklotos plytelės ant balkono laiptų), nutinkuotas priekinis fasadas. 2019 m. pavasarį numatoma baigti tinkuoti pastato išorę, virš bažnyčios įtaisyti 2,5 m aukščio kryžių.[3]
Prie bažnyčios papuošimo prisidėjo:
Bažnyčios altorių, dvi klausyklas sukūrė Antanas Lubys.
Liudas Šopauskas išdrožė medinius kryžius: vienas jų įtvirtintas prie altoriaus, o kitas, vadinamasis žegnonės, kabo prieigose.
Zigmas Bertašius iš akmens plokštės iškalė altoriaus mensą – 1,9 m ilgio ir 0,9 m pločio stalviršį.
Vitražą su šventojo Motiejaus atvaizdu sukūrė menininkas Bronius Bružas.
Architektūra
Bažnyčios pastatas simetriškas, su vitražiniais langais. Jos talpa – 96 sėdimos vietos, dar 40 vietų balkone. Bendras plotas apie 300 m²: ilgis – 24 m, plotis – 12 m. Šventovės frontonas – akmeninis. Architektui L. Mardosui mintis kurti akmeninį frontoną kilo nuo vietovės pavadinimo ir žemaitiško žodžio „kūlis“ (akmuo). Šalia bažnyčios suprojektuota varpinė, kurią su bažnyčia turėtų sujungti akmeninė arka.
