Josvainių miškų šiaurės vakariniu pakraščiu teka Smilga (Nevėžio intakas), per miškų pietinę dalį teka jos intakas – Smilgaitis. Reljefas lyguminis; žemesnėse vietose pelkės. Didžioji miškų dalis nusausinta. Dirvožemiai velėniniai glėjiški ir glėjiniai priemoliai bei moliai, vietomis – velėniniai karbonatiniai moliai.
Augavietės labai derlingos laikinai įmirkusios, vietomis įmirkusios ir pelkinės. 61 % miškų IV grupės ūkiniai, 29 % III grupės apsauginiai, 7 % II grupės ekosistemų apsaugos, 3 % rekreaciniai. Kultūrinės kilmės medynų 6 %.[2]
Jaunuolynai sudaro apie 26 % medžių, pusamžiai medynai 25 %, bręstantys 16 %, brandūs 33 %. Vidutinis medynų amžius – 43 metai. Bonitetas 1,4, skalsumas 0,71, tūris 180 m³/ha.
Nepaisant, kad miškai įeina į biosferos poligoną ir draustinį, vyksta masinis miško naikinimas – vidury vasaros plynai iškertami medžiai, plyti dideli kirtimų, brūzgynų plotai. Neliestų miško kvartalų beveik nelikę.