2005–2006 m. Lietuvos Respublikos Prezidento Valdo Adamkaus patarėjas teisės klausimais, Teisės departamento vadovas. Vilniaus universiteto Teisės fakulteto Valstybės ir teisės teorijos ir istorijos, vėliau – Viešosios teisės katedros asistentas, docentas. Šiuo metu Vokietijos teisės centro direktorius,[1] veda seminarus. Apie 1998–2002 m. skaitė Politinių ir teisinių teorijų istorijos, Politologijos kursus Vilniaus universiteto Teisės fakulteto II kurso studentams.
Nuo 1998 m.lapkričio 16 d. darbo grupės įstatymų ir kitų teisės aktų, reglamentuojančių turto arešto tvarką, nuostatoms išnagrinėti ir reikiamų teisės aktų (jų pakeitimų) projektams parengti, narys.[2]
Nuo 2005 m. liepos 20 d. Darbo grupės pateikti pasiūlymams dėl teisės aktų, reglamentuojančių pretendentų į teisėjus atranką, teisėjų skyrimą ir jų karjerą bei kitus su teismais susijusius klausimus, tobulinimo, vadovas.[3]
Dirbdamas prezidento patarėju, Haroldas Šinkūnas ir Biržų apylinkės teismo pirmininkas Valentas Margevičius buvo tapę 2006 m. balandį kilusio Teismų tarybos ir prezidento skandalo pagrindiniais veikėjais.[4] Šinkūnas viešai pareiškė, kad jis nebuvęs informuotas apie skandalingus V. Margevičiaus biografijos faktus ir atitinkamai negalėjęs šios informacijos perduoti sprendimą dėl teisėjo paskyrimo priėmusiam Valdui Adamkui.[5]
Nuo 2022 m. rugsėjo 1 d. eina Vilniaus universiteto Teisės fakulteto dekano pareigas.
