Prienų sporto mokykla Lietuvos futbolo varžybose ėmė dalyvauti nuo 1992 m. Iš pradžių ji rungtyniavo III lygoje, o 1997 m. dalyvavo II lygos pirmenybėse. 2002 m. lapkričio 13 d. įkurtas dabartinis klubas (asociacija futbolo klubas „Prienai“). Aukščiausia komandos vieta – 6-oji 2006 m. 2015 m. sezone buvo tapę FC Stumbras dubleriais.[2] Prie klubo veikia vaikų ir jaunimo futbolo mokykla (VšĮ Prienų futbolo mokykla), 2021 m. treniruojamos grupės buvo U17, U14, U11, U8, WU14, WU10.[3]
2022 m. tapo LFF III lyga nugalėtojais Kauno zonoje.[4] 2023 m. bandė licencijuotis į LFF II lygą, tačiau nesėkmingai. Toliau žaidė III lygoje, Kauno zonoje. 2024 m. po apeliacijos gavo II lygos licenciją, ir dalyvavo naujai sukurtame II lygos B divizione. 2024 m. LFF taurės aštuntfinalyje burtai suvedė rungtynes su A lygos FK Žalgiriu.
FK Prienai 2018 metais debiutavo LSPFA taurės pirmenybėse.
2020 m. klubas žaidė KAFF organizuotame Kauno 'Let's Go Futsal' I lygos čempionate. Po pirmojo etapo užėmė šeštąją vietą. Antrasis etapas buvo sutrukdytas COVID-19 pandemijos protrūkiu.
Žaidė 2024–2025 m. Futsal I lygos KAFF pirmenybėse.
Klubo logotipas ir spalvinė gama
2010 m. logotipas
2015–2016 m. logotipas
2017–2018 m. logotipas
2019 m. logotipas
2019–2021 m. logotipas
Emblema nuo 2023 m.
Spalvinė gama
Mėlynai balti. Buvo sezonų, kai žaidė žaliomis aprangomis.