Komanda įkurta 1992 m. kaip „Sakalietis“ (tuometinio „Sakalo“ fanų komanda). Miesto pagrindinei komandai keičiant vardus, ilgainiui gerbėjai persivadino „Šiaulių Fanais“. 1994 m. prasidėjo Lietuvos futbolo fanų atvirieji čempionatai, komanda eilę metų dalyvaudavo šiose turnyruose įvairiais ir tapo daugkartiniais šių turnyrų nugalėtojais. Eilę metų komanda dalyvauja Šiaulių apskrities mažojo futbolo pirmenybėse, taip pat III lygos Šiaulių zonos pirmenybėse, žaidė Lietuvos salės futbolo pirmenybėse.
Ilgą laiką komandai vadovavo Valentas Beleckas. Jis buvo ir Šiaulių futbolo „fanų“ prezidentas. Po kurio laiko vadovavimą perėmė Dainius Skaparas, kuris sėkmingai rungtyniavo ir kaip žaidėjas. 2008 m. vadovo D. Skaparo ir komandos keliai išsiskyrė, jis sukūrė futbolo fanų komandą FFK Šiaulių Fanai. Senosios komandos pavadinimas tapo FK „Fanai“.[1]
2010 m. komanda debiutavo Lietuvos taurės varžybose.
