Vėliava pirmą kartą naudota 1884 m. liepos 4 d. kaip Estijos universitetų studentų asociacijos ženklas Tartu universitete (įkurtas 1632 m.). Vėliau trispalvė tapo tautiškumo ženklu ir 1918 m. vasario 24 d. paskelbta tautine vėliava, formaliai pradėta naudoti nuo 1918 m. lapkričio 12 d.
Oficialiai buvo naudojama tarpukario nepriklausomybės metais, sovietinės okupacijos metu buvo uždrausta ir vėl pripažinta tik 1989 m. vasario 24 d.
Sovietų Sąjungai okupavus Estiją 1940 m. vėliava buvo uždrausta. Vokiečių okupacijos metais (1941–1944) vėliava dar buvo naudojama, bet ne kaip valstybinė, o tik kaip tautinė vėliava.
1990 m. rugpjūčio 7 d. vėliava vėl pripažinta oficialia Estijos vėliava.