Po M. V. Radvilaitės mirties vedė Karoliną Ceciliją Gorskytę iš Biržuvėnų, Liudviko Baltramiejaus Gorskio ir Konstancijos Odachovskytės dukterį. Taujėnuose 1812 ir 1813 m. vizituodamas kariuomenę lankėsi Rusijos imperatorius Aleksandras I, čia susipažino su Sofija Tyzenhauzaite, su kuria užmezgė artimus ryšius.
Grafas Benediktas Morikonis mirė 1839 m. gruodžio 1 d. Salų dvare 89 metų amžiaus, našlavęs po žmonos Karolinos Gorskytės mirties. Vaikų nepaliko. Troškūnų bernardinų konvento vienuolių palaidotas šeimos kape Troškūnuose[2].
Veikla
Buvo ketveriems metams išrinktas į seimą, Nuolatinės tarybos ir 1764 m. Lietuvos aukščiausiosios vyriausybės narys.
1831 m. prasidėjus sukilimui Aukštaitijoje Benediktas subūrė vietinių sukilėlių dalinį, raitininkus aprengė vengrų husarų uniformomis, kurias savo sandėliuose buvo išsaugojęs dar nuo 1812 m. Napoleono žygio į Maskvą.