Gimnazija sudaro sąlygas įsigyti kokybišką katalikiškosios gimnazijos išsilavinimą kiekvienam mokiniui, besimokančiam pagal pradinio, pagrindinio ar vidurinio ugdymo programą, ir tarnauja žmonėms, sutinkantiems būti ugdomais krikščioniška dvasia pagal Katalikų Bažnyčios mokymą.
Istorija
1991 m. spalio 3 d. Alytaus dekanato dekano Juozo Gražulio ir Alytaus Jotvingių vidurinės mokyklos direktoriaus Kęstučio Miliausko iniciatyva Alytaus miesto taryba nusprendė įkurti katalikiškąją pradžios mokyklą Vidzgirio mikrorajone statomoje pradinėje mokykloje. 1992 m. gegužės 8 d. Vilkaviškio vyskupijos vyskupas Juozas Žemaitis MIC palaimino katalikiškosios pradžios mokyklos kertinį akmenį. 1996 m. rugsėjo 2 d. miesto bendruomenė susirinko į mokyklos atidarymo ir palaiminimo iškilmes. 1998 m. balandžio 23 d. Alytaus miesto tarybos sprendimu Alytaus katalikiškoji vidurinė mokykla nuo 1998 m. rugsėjo 1 d. pavadinta Alytaus šv. Benedikto vidurinė mokykla. 2000 m. vasario 15 d. Alytaus miesto taryba ir Vilkaviškio vyskupijos kurija pasirašė šv. Benedikto vidurinės mokyklos dviejų steigėjų sutartis. 2001 m. birželio 12 d. LR švietimo ir mokslo ministras įsakymu Nr. 978 nuo 2001 m. rugsėjo 1 d. leidžia mokykloje įvesti profilinį mokymą. 2006 m. rugsėjo 1 d. mokykla tapo VšĮ Alytaus Šv. Benedikto gimnazija.