Šv. Mykolo misija pastatyta tarp 1735–1745 m. Tačiau gyvavo trumpą laiką, nes 1750 m. pasirašius Madrido sutartį misijų žemės perleistos portugalams. Misionieriai nesutiko išsikeldinti ir sukilo prieš jungtinę ispanų-portugalų armiją (gvaranių karas). Visgi, jie pralaimėjo, o misijos buvo apleistos. 1983 m. San Migelio, kaip ir kitų misijų griuvėsiai įtraukti į UNESCO pasaulio paveldą. Gretimo Santo Anželo miesto katedra pastatyta pagal misijos architektūros pavyzdį.