De Johann Encke war de Jéngste vun aacht Kanner. Hien hat eréischt véier Joer, wéi säi Papp gestuerwen ass. D'Famill huet an aarme Verhältnesser gelieft. Nëmmen duerch d'finanziell Ënnerstëtzung vu sengem Schoulmeeschter konnt den Encke an e Lycée goen a spéider studéieren.
Am Joer 1813 ënnerbrécht den Encke säi Studium a geet bei d'Arméi. Als Patriot wollt hien hëllefen Däitschland vun den napoleoneschen Truppen ze befreien. No der Befreiung vun Hamburg huet hien am Hierscht 1814 säi Studium zu Göttingen nees opgeholl. Nodeem den Napoleon aus senger Verbannung, vun der Insel Elba, d'franséisch Truppen nees nei mobiliséiert huet, ass och den Encke zeréck (1815) bei d'Arméi gaangen an huet säin Déngscht als Läitnant fäerdeg gemaach. Wärend senger Arméizäit huet hien den Astronom a Staatsmann Bernhard von Lindenau kenne geléiert.
De Lindenau war Direkter am Observatoire vu Gotha. De Lindenau huet dem Encke 1816 eng Plaz als Assistent am Observatoire 1816 verschaf. 1820 gouf den Encke Vizedirekter an nodeem sech de Lindenau 1822 an d'Politik zeréckgezunn huet, huet den Enke d'Positioun vum Direkter iwwerholl. An där Zäit huet den Encke säi Wierk iwwer d'Sonneparallax fäerdeg geschriwwen. E kuerzperiodesche Koméit ass nom Encke benannt.
Op Recommandatioun vum Friedrich Bessel gouf den Encke 1825 Direkter vum Berliner Observatoire, deen awer net grad a beschtem Zoustand war. – Mat der Ënnerstëtzung vum Alexander von Humboldt an der Zoustëmmung vum preisesche Kinnek Friedrich III. gouf en Obsevatoire am Süde vu Berlin gebaut. Den neie Berliner Observatoire ass 1835 a Betrib geholl ginn an den Encke war den éischten Direkter.
Hien huet d'Stärekaart vun der Berliner Akademie iwwerschafft an huet d'astronomescht Joerbuch verbessert.
Fir seng Leeschtungen huet den Encke vill Auszeechnungen an Éierunge kritt. Vun der brittescher Royal Astronomical Society krut hien zweemol eng Goldmedail.