Duae linguarum Malaico-Polynesicarum proprietates morphologicae sunt systemata affixationis et reduplicationis (iteratio omnis vel partis verbi, sicut vicivici, ad generanda vocabula nova). Sicut aliae linguae Austronesiae, eis sunt phonologiae simplices; ergo, cuilibet textui sunt soni pauci sed frequentes. Plurimae harum linguarum fasciculis consonantium (sicut [str] et [mpt], exempla Anglica) carent. Plurimis praeterea sunt parva copia vocalium, quorum numerus usitatus est quinque.
Linguae Malaico-Polynesicae (nomine saepe MP imminuto) et Formosanaeorientales nonnullas communiter habent innovationesphonologicas et lexicas, inter quas mutatio phonematumproto-Austronesiarum *t et *C ad /t/, *n et *N ad /n/, mutatio *S ad /h/, et vocabula sicut *lima 'quinque', quae aliae linguae Formosanae non attestantur. Explicatio anno 2008 in Austronesio Vocabulariorum Principalium Receptaculo Datorum dicit coniunctionem artissimam cum Paiwan esse, quamquam illi coniunctioni gradum confidentiae 75 centesimarum attribuit.
Lingua Malaico-Polynesicae in parvis linguarum fasciculis multorum locorum consistit, linguis Oceanicis exclusis, in solo magno grege reconstructo qui haud dube est validus; omnes alii magnis greges intra Malaico-Polynesicum disputantur. Familia usitate in ramos Occidentales ("Hesperonesias"), Medios, et Orientales divisa est; quibus autem gregibus est parvum auxilium. Linguae MP Mediae sunt distinctae quia typologiceMelanesianae ob effectus substratilinguarum PapuanarumIndonesiae orientalis sunt, ut praeterea linguae MP Orientales sunt, cum ramus Orientalis simpliciter in ramis consistit qui talem mutationem amplam a contactu motam non passi sunt.
Wouk et Ross (2002) ramum proposuerunt linguarum Malaico-Polynesicarum Nuclearium, in simplificatione consistente collationis Austronesiae (AngliceAustronesian alignment) in syntaxi linguae proto-Malaico-Polynesicae conditum, quae per Indonesiam praeter multum Bornei et Celebisseptentrionale invenitur. Quod MP Nuclearis nonnullas comprehendit linguas NP occidentales cum MP Media-Orientali, Wouk et Ross MP Occidentalem in gregem "Interiorem" in Celebe et Insulas Sundanas diffindit, qui una cum Media-Orientali linguam MP Nuclearem formaverunt, et gregem "Exteriorem" in Borneo et Philippinis. Ambo sunt greges residuales,? ex definitionibus negantibus formati: linguae WMP Exteriores (Borneo–Philippinae) sunt linguae Malaico-Polynesicae quae non sunt Nucleares, cum linguae WMP Interiores (Sundano–Celebenses) sunt linguae Nucleares quae non sunt Mediae–Orientales, quae ipse est grex dubius. Quamquam ramus MP Nuclearis ex datis syntacticis definitur, auxilium mediocre ex datis lexicalibus habet.