Interpretatio in Epistolam ad Romanos, Hagenau 1523
Annotationes in Epistolas Pauli XI, posteriores, Norimbergae 1524, Argentorati 1524, Basiliae 1524
Historia Domini nostri J Chr. passi et glorificati, ex Evangelistis fideliiter contracta, et annotationibus aucta, Wittenbergae 1526, 1540, 1546
Oratio, quod ipsius non sit oponio illa de eucharistia…, Wittenbergae 1526
Confessio de Sacramento corporis et sanguinsis Christi, Wittenbergae 1528
Dat Nye Testame[n]t düdesch : Mit nyen Summarie[n] edder kortem vorstande vp eyn yder Capittel, Coloniae Agrippinae, Peter Quentel, 1528
Johannes Bugenhagens Pomerania., Stettini 1900.
Der erbarn Stadt Brunswig christlike Ordening to Denste dem hilgen Evangelio … / dorch Johannem Bugenhagen … bescreven.“ Wittenbergae 1528, 1531
Der ehrbaren Stadt Hamburg christliche Ordnung, 1529. Edita a Ioannes Wenn. Hamburgi 1971.
Der Keyserliken Stadt Lubeccae Christlike Ordeninge, Lubeccae 1531. Lubeccae 1981. ISBN 3-7950-2502-8
Eine Schrift wider dem Kelch-Diebe, Wittenbergae 1532
De Biblie vth der vthlegginge Doctoris Martini Luthers yn dyth düdesche vlitich vthgesettet mit sundergen vnderrichtingen alse men seen mach, Lubeccae 1533, Fol. Magdeburgi 1545
Ordinatio Ecclesiastica Regnorum Daniae et Norvegiae, ac Ducatumm Slesvici et Holstatiae, Hafniae 1537
Biblia: dat ys de gantze Hillige Schrifft, Düdesch : Vpt nye thogerichtet, vnde mit vlite corrigert, Wittenbergae, Hans Lufft, 1541
Der XXIX. Psalm ausgelegt, darinne auch von der Kindtaufe, Wittenbergae 1542
Christliche Kerken-Ordening im Lande Brunßwick Wolfenbüttelschen Deels, Wittenbergae 1543
Kirchen Ordnung der Stadt Hildesheim, 1544
Christliche Leichenpredigt über D. Martin Luthern, Wittenbergae 1546
Ein Schrifft D. Johann Bugenhagen Pomerani: Pastoris der Kirchen zu Witteberg / An andere Pastorn vnd Predigern / Von der jtzigen Kriegsrüstung, Wittenbergae Druck Hans Lufft 1546
Wie es vns zu Wittemberg in der Statt gegangen ist in diesem vergangenen Krieg… , Wittenbergae 1548, Ienae 1705
Commentarius in Jonam Prophetam, Wittenbergae 1550