키르기즈 공화국의 대통령(키르기스어: Кыргыз Республикасынын президенти, 러시아어: Президент Кыргызской Республики)은 키르기스스탄의 국가 원수이다.
2017년 11월부터 2021년 5월까지 대통령 임기는 6년 단임제, 대통령 권한은 외교 권한과 군통수권, 국방과 안보 담당 기관장 임명권이 있으며 실질적으로 이원집정부제로 유지해왔다. 나머지 권한은 키르기즈 공화국의 총리가 키르기즈 공화국의 대통령을 보좌하였지만 2021년 헌법 개정 국민투표에서 대통령제로 복귀를 원하는 결과가 과반이 나와 대통령제로 전환이 확정되었다. 2021년 5월 5일 대통령제 개헌을 선포하였다. 임기는 5년 중임제로 개정되었다. 또한 키르기즈 공화국의 총리직을 내각의장직으로 새로 개편하여 이어가고 있다.