1913년3월 5일 매커두는 46대 재무 장관으로 선서되었다. 12월 23일 연방준비법의 통과에 매커두는 연방준비제도의 의장과 준비 은행 조직 위원회의 회원이 되었다. 연방준비제도는 준비 은행 조직 위원회에 의한 수정 날짜에 제도의 통과 이후 만큼 곧 워싱턴 D. C.에서 연방준비제도의 첫 회의를 개최하는 데 매커두를 요구하였다.
제1차 세계 대전이 터진 동안 재무 장관으로서 매커두는 재정적 위기를 직면하는 데 대단한 단계들을 택하였다. 1914년7월유럽의 투자가들이 미국 달러로 자신들의 미국 보유를 청산하기 시작하였고, 그러고나서 미국 달러를 후원한 금으로 그것들을 변경시켰다. 매각을 막기 위하여 매카두는 4개월 동안 뉴욕 증권거래소를 폐업하였다. 어떤 경제학자들은 미국의 금융과 주식 시장들의 붕괴를 방지하고 유럽에서 미국으로 경제력에서 교대를 위한 토대를 마련한 것과 함께 그의 활동을 인정하는 편이다.
재무 장관과 연방준비제도의 직권상 의장으로서 매커두의 기간 동안, 그는 다른 직위들을 보유하기도 하였다. 매커두는 연방 농업 대부금 위원회의 직권상 의장과 미국 철도의 사무 총장이었다.
이후의 세월
재무 장관으로서 사임 후에 샌프란시스코에서 열린 1920년 민주당 전당 대회에서 매커두가 미국의 대통령을 위하여 출마하는 것이 제안되었다. 그는 자신의 이름이 집회에서 출석되지 않는 것을 요청하였다. 이후의 집회에서 그의 이름이 비밀 투표에 포함되었으나 그는 지명되지 않았다. 매커두는 1930년대로 들어가 다양한 도시들의 민주당 전당 대회에서 활동적으로 남아있었다. 1933년부터 1938년까지 그는 캘리포니아주의 연방 상원을 지냈다. 그는 2권의 책을 저서하였으며 하나는 금주법에 관해서, 또 하나는 자서전이었다.
매커두는 3번이나 결혼을 하였다. 그는 1912년에 사망한 자신의 첫 부인 세라와 함께 5명의 자녀를 두었다. 세라의 사망 후, 그는 우드로 윌슨 대통령의 딸 엘리노어와 결혼하였다. 부부는 백악관에서 결혼되었고, 이혼 전에 2명의 자녀를 두었다. 1935년 매커두는 자신의 3번째 부인 도리스와 결혼하였다.
