에어 나이지리아는 다음과 같은 노선을 운항했었다.

• 베냉
  • 코토누 - 가제쿠 공항
• 카메룬
  • 두알라 - 두알라 국제공항
• 코트디부아르
  • 아비장 - 포트바우트 공항
• 가봉
  • 리브르빌 - 리브르빌 국제공항
• 감비아
  • 반줄 - 반줄 국제공항
• 가나
  • 아크라 - 코토카 국제공항
• 라이베리아
  • 몬로비아 - 로바트 국제공항
• 나이지리아
  • 아부자 - 은남디 아지키웨 국제공항
  • 라고스 - 무르탈라 모하메드 국제공항 허브
  • 포트하코트 - 포트하코트 국제공항
  • 소코토 - 사디크 아브바카 3세 국제공항
• 세네갈
  • 다카르 - 요프레오 폴세다르 상고르 국제공항

• 나이지리아
  • 베닌시티 - 베닌 공항
  • 칼라바르 - 마거릿 에크포 국제공항
  • 에누구 - 아카누 아이비암 국제공항
  • 카노 - 말람 아미노 카노 국제공항
  • 오웨리 - 샘 엠바큐 공항
  • 포트하코트 - 포트하코트 NAF 공군기지
  • 와리 - 와리 공항
• 남아프리카공화국
  • 요하네스버그 - 요하네스버그 국제공항

• 아랍에미리트
  • 두바이- 두바이 국제공항

• 영국
  • 런던
    • 개트윅 공항
    • 히드로 공항