독일 민주 공화국의 설립에 이어, 슈토프는 통일사회당 중앙 위원회의 회원이 되었고, 1950년에는 인민 의회의 의원이 되었다. 또한 내무장관(1952년 ~ 1955년), 국방장관(1956년 ~ 1960년)을 역임하였다.
1964년부터 1973년까지 총리를 지냈다. 발터 울브리히트가 사망하자, 슈토프는 당 서기장이 되면서 동독의 국가 원수를 겸하였다. 1976년 인민 의회 선거 후에 국가와 당의 지도자 조직이 재정리되자, 슈토프는 총리에 재임하였다.
총리로서 슈토프는 1970년빌리 브란트서독 총리와 여러 가지 협상을 시작하였다. 그 일은 동서독 지도자들의 최초의 만남으로 주목되었다. 1989년10월에리히 호네커의 축출에 이어, 슈토프와 호네커 내각의 단원 44명이 국민의 압력에 책임을 지고 사임하였다. 11월 8일 통일사회당 중앙위원회는 슈토프 대신에 한스 모드로프를 후보로 임명하였다. 1989년12월 부패 혐의로 구속되었으나, 후에 건강 악화로 인하여 구금을 면하였다. 1994년 베를린 법원은 슈토프가 저축한 20만 독일 마르크 소유에 돌아가면 안 된다고 판결을 내렸다.
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