파트 1 : 농구, 야구,축구 등등 공을 다루는 것이라면 압도적인 능력을 발휘하는 초등학교 5학년 차영웅.
어느 날, 엄마의 부탁으로 창고를 정리하던 중 신비한 구슬을 발견하게 된다.
그 순간 악당 콤비 ‘마보리단’(홍비, 백산)과 괴생명체 ‘크리처’가 창고를 부수며 나타나 영웅을 위협하지만,
영웅은 창고에 숨어있던 메카니멀 ‘아칸’의 도움으로 신비한 구슬인‘메카드볼’을 사용해 이들을 물리치는 데 성공한다.
그 후 영웅은 아칸으로부터 놀라운 이야기를 듣게 되는데…
오래전부터 지구에 존재하고 있던 볼에너지로 살아가는 메카니멀들.
공을 자유자재로 다룰 수 있는 영웅의 능력은 영웅의 엄마와 관련이 있다고 한다.
엄마의 잃어버린 기억을 찾고 지구의 평화를 지키기로 결심한 영웅.
메카드볼과 메카니멀을 모으기 시작한 영웅 앞에 차례차례 수수께끼의 인물들이 등장하며 배틀을 펼친다.
신비한 소녀인 세라와 지구를 위협하는 블랙코마의 키라얀 까지.
과연 영웅은 엄마의 기억을 되찾고 아칸과 함께 지구의 평화를 지킬 수 있을 것인가!
파트 2 : 블랙코마가 사라진 후, 도시에는 평화가 찾아온다.
영웅은 아인, 유리와 함께 컨버전스 에너지를 시험하고,
세라와 호호 할머니는 육지의 메카드볼 세터 OMS에 대해 조사하기 시작한다.
그러던 어느 날, OMS의 세터 ‘빈 라인하트’와 메카니멀 ‘레드론’이 용궁을 습격하고,
새로운 차원의 무기로 무장한 빈과 레드론 앞에서 영웅과 세라는 속수무책으로 당하고 만다.
영웅과 세라는 봉인에서 풀려난 메카니멀 ‘블리츠’의 도움으로 용궁에서 무사히 탈출하지만,
빈은 용궁을 파괴하고 이어서 부둣가 창고까지 불태운다.
컨버전스의 힘으로 영웅과 세라는 빈을 간신히 물리치지만,
OMS의 새로운 세터 ‘미주리’의 등장으로 영웅은 다시 한번 위기에 빠진다.
그때, 블랙코마를 찾아 다른 차원의 우주로 떠났던 키라얀이 돌아오고,
더욱 강해져서 돌아온 키라얀은 영웅과 세라를 도와 OMS와 싸우기로 한다.
블랙코마가 사라진 지구에서 바다의 세터를 없애고 세계를 장악하려는 OMS 육지의 메카드볼 세터와 바다의 메카드볼 세터 간에 전쟁이 시작된다!
2기(메가)
영웅과 세라, 키라얀이 그란데본에게 패배한 후, 일주일 사이에 세상은 대혼돈의 시간을 겪는다.
지구는 빈에 의해 지배되고, 블랙코마가 메카드볼을 가져가면서 지구에는 천재지변이 끊이지 않는다.
계속된 반격에도 빈과 그란데본에게 패배하자 영웅과 친구들은 전의를 상실하고 마는데…
그란데본을 연구하던 한 박사가 다른 합체 메카니멀이 존재한다는 사실을 알아내자,
영웅과 키라얀은 합체 메카니멀을 찾아 블랙홀 행성으로 떠난다.
그곳을 수색하던 중, 영웅과 키라얀은 수수께끼의 지하 도시인들의 공격을 받는데, 그들은 스스로를 지구인이라고 한다.
이어서 밝혀지는 영웅의 지구와 블랙홀 행성과의 관계.
지하 도시인들은 영웅, 키라얀과 오해를 풀고 합체 메카니멀인 ‘스피어헤드’와 ‘크란츠’를 찾도록 도와준다.
한편, 블랙코마가 지구에서 가져온 메카드볼을 이용해,
블랙홀 행성의 세터 이오도 합체 메카니멀 ‘팔로노이드’를 깨운다.
이제 영웅과 세라, 키라얀 그리고 빈과 이오가 두 지구의 운명을 두고 최후의 합체 메카니멀 대전을 펼친다!
