아침 시간대 이소고 역에서 시발하는 오후나 행 2편을 제외하고 모두 게이힌 도호쿠 선 또는 요코하마 선과 직결 운행하고 있다.
게이힌 도호쿠 선 직결 운행 열차
게이힌 도호쿠 선과 직결 운행하는 열차들은 사쿠라기초역, 이소고역, 오후나역에서 회차하여 다시 돌아오는 형태로 운행한다. 네기시 선 요코하마 ~ 이소고 간은 5분 간격, 이소고 ~ 오후나 간은 10분 간격으로 운행된다. 단, 사쿠라기초 ~ 네기시 간은 화물 열차가 빈번히 운행되기 때문에, 화물 열차의 통과를 사이에 두고 10분 간격으로 운행되기도 한다. 게이힌 도호쿠 선의 오미야 방면 직결 운행 열차, 요코하마 선의 하치오지 방면 직결 운행 열차 모두 쾌속 열차가 운행되고 있지만, 네기시 선 안에서는 각 역에 정차한다.
요코하마 선 직결 운행 열차
히가시카나가와역까지 게이힌 도호쿠 선을 경유하며 그 후 요코하마 선으로 입선, 직결 운행하는 형태로 운행한다. 네기시 선 안에서는 사쿠라기초 역에서 회차하여 다시 요코하마 선 방면으로 운행한다. 통근 시간대에는 이소고·오후나 방면으로 연장 운행되는 경우도 있으며, 오후나 시종착 열차는 가마쿠라 차량 센터 출입고 목적도 겸하고 있다.
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