FC 카를 차이스 예나는 광학렌즈 기업인 칼자이스 공장 축구팀으로 시작하였으며 1960년대에서 1980년대까지 동독의 가장 강력한 팀이었다. 이 기간에 DDR 오버리가와 FDGB-포칼을 각각 3회, 4회 우승하였고 1981년에는 유러피언컵 위너스컵 준우승을 차지하기도 하였다. 1990년에 독일의 통일로 동독의 각종 리그와 컵대회들이 서독에 통폐합되면서 2부 리그 이상으로 오른적이 없으며 현재는 4부 리그인 레기오날리가 노르트오스트에 참가하고 있다.
