아프리카 축구 연맹 회장은 2022년 9월 30일에 대회 준비 부족 등의 이유로 기니의 2025년 아프리카 네이션스컵 개최권을 박탈했다고 발표했다. 이에 따라 대체 개최국 선정을 위한 새로운 절차가 재개되었다. 2025년과 2027년 대회의 개최국 지정은 당초 2023년 8월 15일로 예정되어 있었으나 기한 내에 개최국을 결정할 수 없었다. 결국 조직위는 2023년 9월 27일에 2025년과 2027년 대회를 각각 모로코와 케냐, 우간다, 탄자니아 3개국으로 결정하였다.
개최 도시 및 경기장
2023년 9월 27일, 모로코 왕립 축구 연맹은 6개 도시에서 대회를 개최할 6개 경기장의 명단을 공개했다.