서아시아에 8장, 동아시아에 7장의 출전권이 배당되었다. 3팀만으로 이루어진 동아시아의 H조를 제외하고는 모두 5~6개 팀 중 1위와 2위가 본선에 직행했으며 나머지 1장은 동서 구분 없이 A조부터 G조까지의 3위 팀간 전적을 비교하여 가장 좋은 전적을 거둔 1개 팀에게 주어졌다.
2010년 AFC U-16 축구 선수권 대회 본선 조 추첨은 2010년 5월 20일에 중국 타슈켄트에서 진행되었다. 대회에 참가한 팀들은 2008년 AFC U-16 축구 선수권 대회 본선과 예선 성적을 기준으로 하여 시드를 배정받았다. 개최국인 우즈베키스탄은 자동으로 A1에 배정되었다.