1999년 FIFA 컨페더레이션스컵(영어: 1999 FIFA Confederations Cup, 스페인어: Copa FIFA Confederaciones 1999)은 1999년7월 25일부터 1999년8월 4일까지 멕시코에서 개최된 4번째 FIFA 컨페더레이션스컵이다. 개최국인 멕시코가 결승전에서 브라질을 4-3으로 누르고 1번째 우승컵을 들어올렸다.
같은 대륙별 축구 연맹에 속한 팀끼리는 같은 조에 넣지 않는다는 원칙에 따라 북중미카리브 축구 연맹(CONCACAF), 남아메리카 축구 연맹(CONMEBOL)에 속한 팀들은 서로 다른 조에 배정되었다. 멕시코가 A조 1번째 자리(A1), 브라질이 B조 1번째 자리(B1)에 각각 자동으로 배정되었으며 볼리비아는 A조, 미국은 B조에 각각 배정되었다.
