헬레네는 당초 프란츠 요제프 1세의 신부 후보였으나 그는 어머니 조피 프레데리케 폰 바이에른 왕녀가 추천한 헬레네가 아닌 동생 시씨에게 첫눈에 반해버렸고, 결국 그녀와 결혼했다. 프란츠 요제프 1세와의 약혼에 실패한 채 결혼 적령기를 넘긴 헬레네는 1858년 트룬 운트 탁시스의 부유한 제후 막시밀리안 안톤 폰 트룬 운트 탁시스를 만났다. 당시 바이에른의 왕이자 비텔스바흐 왕가의 당주였던 막시밀리안 2세는 막시밀리안이 왕가 출신이 아니라는 것을 이유로 결혼을 허락하지 않았으나 먼저 결혼한 시씨 부부의 주선으로 결혼에 성공할 수 있었다. 헬레네와 안톤의 결혼식은 포센호펜 성에서 치러졌고 두 사람 사이에서는 네 명의 아이가 태어났다.
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