2020년 1월 29일, 중국 우한에서 귀국하는 교민들을 임시로 수용하는 시설로 충청남도 아산시의 경찰인재개발원과 충청북도 진천군의 국가공무원인재개발원이 확정되었다.[1] 이에 일부 주민이 반발하였으며, 진천군청 및 군의회에서는 우한 교민 수용에는 찬성하면서도 충북도민을 배려하지 않은 입지 선정이라고 의견을 밝혔다.[2] 1월 31일부터 2월 15일까지 173명이 수용된 교민 가운데 확진자는 없었으나, 3월 10일에 국가공무원인재개발원 직원 1명이 확진되었음이 밝혀졌다.[3]
충청북도 내 최초의 확진자는 2월 20일 23시에 발생하였다. 2월 16일에 신천지 신도와 접촉한 이 확진자는 증평군에 있는 부대 소속 대위로, 충청북도청에서는 방역을 강화하면서 경로당이나 노인복지시설 등 취약계층이 이용하는 다중이용시설에 대하여 휴관 또는 자율적 폐쇄 조치를 취하였다.[4]
11월에는 도내 확진자 200명을 돌파하면서[5], 대규모 감염이 잇따랐다. 제천시에서는 11월 25일에 인천광역시 미추홀구 거주 확진자가 참석한 가족 김장 모임에서 2명의 확진자가 발생한 것을 계기로[6][7], 종전까지 확진자가 3명이었으나 지역 연쇄 감염이 일어났다.[8] 김장 모임 관련자를 포함한 확진자 수가 큰 폭으로 늘어나자 시에서는 11월 28일에 사회적 거리두기 단계를 2단계로 격상하였으며, 월말 기준 제천시내 신규 확진자는 63명으로 파악되었다.[9]청주시에서는 오창읍의 당구장 친목 모임을 중심으로 집단 감염이 일어났다.[7] 11월 28일에 관련 확진자가 20명을 넘어서자[10], 청주시청에서는 관내 모든 어린이집에 대해 휴원 조치를 내렸다.[11]
12월에는 산발적 확산이 이어지고 있으며, 종전에 집단 감염이 없었던 영동군, 단양군 등에서도 확진자가 발생하였다.[12] 12월 4일에 들어 도내 확진자 400명을 돌파하였다.[13] 제천시는 12월 1일부터 3일까지 3단계 거리두기를 시행하였고, 충주시는 12월 1일부터 2단계 거리두기를 시행하였다.[14]
2020년 12월~2023년 5월 사망자가 또 크게 폭증해 1053명이 되었다. 증평군, 괴산군, 음성군, 옥천군, 제천시, 진천군, 영동군, 단양군에서 첫 코로나 사망자 발생하였다. 청주의료원, 충주의료원, 오송베스티안병원 외 20개소에서 치료중 사망하였다.
