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이스라에어 항공은 다음과 같은 노선을 운항하고 있다. (2012년 11월 기준)

^[허브]	허브 공항
^	미래 취항지
^[계절편]	계절편 서비스
^†	과거 취항지

도시	국가	IATA	ICAO	공항
암스테르담	네덜란드	AMS	EHAM	스히폴 국제공항 ^[계절편]
바르셀로나	스페인	AMS	EHAM	바르셀로나 엘프라트 공항 ^[계절편]
베를린 ^ [개항 예정]	독일	BER	EDDB	베를린 브란덴부르크 공항
베를린 ^{[베를린 브란덴부르크 공항 개항 시 폐쇄 예정]}	독일	SXF	EDDB	베를린 쇠네펠트 공항
볼로나 ^†	이탈리아	BLQ	LIPE	굴리엘모 마르코니 공항
브레시아	이탈리아	VBS	LIPO	브레시아 공항 ^[계절편]
브뤼셀 ^†	벨기에	BRU	EBBR	브뤼셀 공항
쾰른/본 ^†	독일	CGN	EDDK	쾰른 본 공항
코펜하겐 ^†	덴마크	CPH	EKCH	코펜하겐 공항
더블린 ^†	아일랜드	DUB	EIDW	더블린 공항
두보네크	크로아티아	DBV	LDDU	두보네크 공항 ^[계절편]
에일라트	이스라엘	ETH	LLET	에일라트 공항
하이파	이스라엘	HFA	LLHA	하이파 공항
헤라클리온	그리스	HER	LGIR	헤라클리온 국제공항 ^[계절편]
마드리드 ^†	스페인	MAD	LEMD	마드리드 바라하스 국제공항
모스크바	러시아	DME	UUDD	도모데도보 국제공항
뮌헨	독일	MUC	EDDM	뮌헨 국제공항 ^[계절편]
뉴욕 시 ^†	미국	JFK	KJFK	존 F. 케네디 국제공항
니스	프랑스	NCE	LFMN	니스 공항 ^[계절편]
파포스 ^†	키프로스	PFO	LCPH	파포스 공항
로도스	그리스	RHO	LGRP	로도스 공항 ^[계절편]
리에카 ^†	크로아티아	RJK	LDRI	리에카 공항
로마	이탈리아	FCO	LIRF	레오나르도 다 빈치 국제공항
슈투트가르트 ^†	독일	STR	EDDS	슈투트가르트 공항
텔아비브	이스라엘	TLV	LLBG	벤구리온 국제공항 ^[허브]
텔아비브	이스라엘	SDV	LLSD	수드도브 공항 ^[허브]
바르나	불가리아	VAR	LBWN	바르나 공항 ^[계절편]
베로나	이탈리아	VRN	LIPX	베로나 공항 ^[계절편]

이스라에어 항공의 운항 노선