1687년좌안 우크라이나의 카자크 지도자로 추대되었지만 러시아 차르국과의 관계가 악화되자 대북방 전쟁에서 스웨덴을 지지하기로 결심한다. 일설에 따르면 마제파는 술에 취한 러시아의 차르인 표트르 1세를 모욕한 적이 있었으며 러시아 차르국의 토지를 소유하는 야심을 품고 스웨덴의 국왕이었던 칼 12세를 전쟁에 끌어들이려는 계획을 세웠다고 한다.
1708년 10월 마제파는 대북방 전쟁에서 3,000명의 카자크 병사들과 함께 스웨덴군과 합류했다. 1709년 6월 마제파가 속한 스웨덴군은 폴타바에서 일어난 폴타바 전투에서 러시아군에 패전하고 만다. 폴타바 전투에서 패전한 마제파는 오스만 제국의 지배를 받고 있던 몰도바벤데르로 도주했고 그 곳에서 사망하게 된다.
독립된 카자크 국가를 세우려는 노력 때문에 보흐단 흐멜니츠키와 함께 우크라이나 제2의 영웅으로 추앙받고 있다. 조지 바이런, 빅토르 위고, 대니얼 디포 등은 마제파를 소재로 한 문학 작품을 남겼으며 프란츠 리스트는 마제파를 주제로 한 교향시 《마제파》를 작곡했다.
