선사 시대의 사키시마 제도에서는 조몬 문화의 영향은 거의 발견되지 않으며, 대만과 공통점이 많은 토기가 많이 발견되고 있다. 약 2500년 전부터 무토기 문화(요리뿐만 아니라 무토기 문화를 가진 폴리네시아와 같이 돌솥을 많이 사용했다고 생각되는)에 들어가지만,이 시대도 갯조개 패부 등을 볼 수 있고, 이것도 필리핀 방면과의 문화적 관계가 있을 수 있다. 약 800년 전 무렵부터 카무이야키이나 과형 토기 등 본섬 또 북방과의 관계가 나타나게 된다. 기록으로는 《속일본기》에 714년(나라 시대의 연호 7년)에 "信覚" 등의 사람들이 입조했다고 기록되어 있으며, ‘信覚’는 이시가키섬을 가리키는 것으로 알려져 있다.
