2005년, 국제선 운항을 사모아 정부와 오스트레일리아의 저비용 항공사인 버진 블루(현재의 버진 오스트레일리아 )의 합작으로 설립된 새로운 항공사 폴리네시아 블루(현재의 버진 사모아)에 의해 인수되었다. 사모아 정부와 버진 블루는 각각 지분을 49%를 보유하고 있으며, 나머지 2%는 사모아 투자 그룹이 보유하고 있다. 사모아 정부는 연간 예산의 절반 이상을 차지하는 폴리네시안 항공의 운항 비용 상승을 국제 운항 중단의 주요 이유 중 하나로 꼽았다. 하지만 폴리네시아 항공은 사모아와 아메리칸 사모아에서 터보프롭 항공기를 계속 운항했다. 2011년, 버진 블루는 버진 사모아(영어: Virgin Samoa)로 이름을 바꾸면서 자사 항공사 그룹의 브랜드 개편을 발표하였다.