나하 공항은 1933년에 구 일본 해군에 의해 설립되었다. 공항을 포함한 시설은 태평양 전쟁 후 미군 점령을 거쳐 나하 공항(Naha Airfield)이 되었고, 1972년 반환 후에는 항공자위대의 비행장과 민간 공항으로 이용되고 있다. 항공자위대 나하기지(JASDF Naha Air Base)에는 각 관공서의 항공 제반 시설이 같이 있다.
1999년 국제선 터미널을 신축하였으며, 면세점으로 이용되고 있다. 2003년 국제선으로 타이완및 홍콩을 비롯한 중화권 노선이 확충되었다. 외국 항공사는 아시아나항공, 중국동방항공, 드래곤 에어, 중화항공 외의 항공사가 운항하고 있다. 육상교통편으로는 리무진 버스, 모노레일 등을 이용할 수 있다.
항공자위대 및 국토보안성 등을 제외하고 민간에 할당되어 있는 것은 국내선, 국제선, LCC터미널, 화물터미널 4개이며, 30개 이상의 노선이 취항하고 있다. 지상 4층 규모의 신 국제선 터미널을 2014년2월 17일에 개장해 사용하기 시작했다. 과거 일본항공과 전일본공수가 도쿄 국제공항(하네다)로 B747을 운영하였으나, 현재는 다른 기종으로 대체되었다.
근처에 있는 미군 가데나 공군 기지를 이용하는 항공기와 관제 시 간섭이 일어나는데 공군 기지 측이 우선권을 가지고 있다. 오키나와 부근은 악천후가 꽤 잦아 날씨로 인해 민간 항공기가 인근 가데나 공군기지에 착륙하기도 한다. 착륙 후에는 승객은 기내에서 대기하다가, 기상 상태가 호전되면 기지에서 다시 이륙해 나하 공항에 착륙하는 방식을 사용한다. 이는 가데나 공군기지에 민간 항공 여객 수송을 위한 설비 및 시설이 없기 때문이다.
활주로 증설
나하 공항은 항공 수요의 증가와 항공 자위대 전투기와의 간섭 등에 따른 활주로 용량의 한계에 대비하여 기존 활주로에서 서쪽으로 1310 m를 이격하여 2700 m 길이의 평행 활주로를 건설하였다.
이 활주로는 2008년에 일본 국토교통성이 건설을 결정한 후 여러 차례의 주민 협의와 환경 영향 평가를 거쳐, 바다에 콘크리트 블록을 설치해 1.6 km2를 매립하는 방식으로 만들기로 하였다. 이 사업은 2014년 1월에 착공하였고, 2019년 12월에 완공해 2020년 3월 26일에 활주로를 개장하여 운용중이다.
2007년8월 20일, 보잉 737-800 기종인 중화항공 120편이 착륙 후 택싱 중 갑자기 오른쪽 날개 밑에서 불이 시작되어 비행기 전체를 순식간에 집어삼키고 있었다. 모든 승객과 승무원들은 안전하게 대피했다. 이후 조사 결과 슬래트 구동 메커니즘의 일부가 연료 탱크를 관통했고 누출된 연료가 뜨거운 엔진 부품과 접촉하면서 발화했다는 사실이 밝혀졌다.
2019년7월 21일, 아시아나항공이 관제관의 허가를 받지 않은 채 활주로에 진입했다. 이로 인해 이미 착륙 허가를 받은 일본 트랜스오션 항공이 활주로 앞 3.7km까지 내려왔다가 다시 고도를 높여 올라갔고, 약 20분 다시 착륙을 시도하는 소동이 있었다. 나하 공항에서는 스톱(STOP)이라고 말했지만 아시아나항공은 그냥 이륙하였다.
